故事讲述了当Alex、Marty、Gloria和Melman几位主角还在非洲悠闲度日的时候，以Skier为首的四只企鹅已经回到了纽约中央动物园，并且大权在握与此同时他们还要执行各种秘密任务，因此时不时地他们就要从动物园逃出来。