影片讲述了“靖难之役”之后，燕王朱棣篡权夺位成功，建文帝生死未卜，而建文帝之子朱文奎被旧部杨武救出，并几经辗转把朱文奎送往少林寺十年之后，朱文奎在少林寺已成英俊少年，学到了一身武功，从小聪慧的他更熟读经卷，通晓佛法，深得住持的喜爱。杨武一直在计划为建文帝夺回帝位，假意归顺燕王，暗中招兵买马，召集建文帝旧部然后打算把朱文奎从少林寺带回京城，却被燕王得知，并下令东厂追杀他们。一路上杨武等人受到一批又一批的东厂高手追杀，最后不得不把小皇子送上嵩山少林暂避追杀。东厂倾巢而出把少林寺重重包围，杨武和少林十八棍僧与锦衣卫展开殊死搏斗。最后，少林寺能否逃过一劫呢？