故事讲述了宇宙开发中心的上空发现了来历不明的太空船，中心继而受到两只怪兽的袭击高斯奥特曼及时出现，但怪兽极其顽强，高斯几乎招架不住，幸得春野武藏相助，二人融为一体后，威力大增，而正当怪兽快被击退之际，另一个奥特曼杰斯提斯忽然出现。他竟然出手阻止高斯保护地球，最后竟令高斯及武藏死于怪兽之手。太空船的目的到底是什么？