有一天，主人公黑羽快斗得知8年前失踪的父亲――黑羽盗一就是怪盗基德，父亲的失踪与一个黑衣组织有关为了查找那个组织的真相，他继承了怪盗的职业和名字，自己成为怪盗基德，不顾生命危险，想引出杀害爸爸的凶手。在一次行动中，他得知父亲的敌人――秘密组织在图谋长眠于大批珠宝中的可获长生的“命运之石潘多拉”，为了粉碎他们的阴谋，他现在以比组织更早一步找到“潘多拉”为目标。因此，他的主要猎物都是与宝石相关的东西。