闪电十一人GO第二季讲述的是十年后的故事，少年松风天马来到雷门中学作为游戏故事的开始。但在这次故事中，足球则并没有过去那么火热，而是由足球管理组织“第五部门”所管理支配，“足球已经腐烂了，足球的热情已经没有当年高了。”雷门中学作为一间足球名校，被神秘的组织第五部门所暗中盯中，足球的未来发展会怎么样呢……